Red Faction 3: Guerrilla повествует о событиях, произошедших спустя 50 лет после финала второй части игры. К 2125 году Марс окончательно освоен и приспособлен к жизни, на Земле же подходят к концу запасы ископаемых ресурсов. Земные корпорации ставят марсианских колонистов в нечеловеческие условия существования и работы, Силы Обороны Земли (СОЗ) вместо союзников становятся карателями и полицией.
 

Мирный и спокойный город Фердок охвачен ужасом. Жестокие и на первый взгляд бессмысленные убийства заставили людей прятаться за крепкими стенами. Разрастается заговор, в окрестностях появился таинственный архимаг, и неизвестно, что замышляют жрецы могущественного культа Хесинде. Четверке отважных персонажей предстоит сразиться с многочисленными врагами, раскрыть планы темных сил и исследовать загадочное горное плато Дракенсанг.